Bacheloroppgave ved UiA 2022 benytter DNA-sekvensering på døde slangers mageinnhold
Slettsnok Coronella austriaca er et rovdyr som spiser andre dyr, og de avliver byttedyrene ved å slynge kroppen tett rundt som en kvelerslange. Det er ikke bestandig at byttedyret er helt dødt før slettsnoken starter å sluke det. Denne hunn-stålormen ble begynt slukt før hun var helt død. Vi tror at stålorm er det vanligste byttedyret for slettsnok, men dette vil bachelorstudentene nå finne mer ut av! Foto: Beate Strøm Johansen
Naturmuseum og botanisk hage, UiA (tidligere navn: Agder naturmuseum og botaniske hage), har i mange år ivaretatt døde dyr i museets frysere,- også slanger. Nå kommer disse døde slangene til nytte for forskningen, både i form av vevsprøver til DNA-analyser, mageprøver til diett-analyser, hudprøver til slangesoppanalyser og knokler til aldersanalyser. Framtiden vil vise om ennå flere undersøkelser kan gjøres med døde slanger. Når dyr uansett er døde, kan de veldig gjerne benyttes til forskning, siden forskning på døde dyr ikke kan skade eller stresse dyrene på noen måte. Dette kalles «invasiv forskningsmetode». Vårsemesteret 2022 skal to bachelorstudenter i biologi ved Universitetet i Agder (UiA) finne ut hva de døde slettsnokene i museets fryser hadde spist.
Slettsnokene måtte dissekeres før bachelorstudentene kunne begynne med sine DNA-analyser av mageinnholdet. Akkurat denne slettsnoken ble funnet død midt i november i Moss, med en klump nederst i magen. Disseksjonen viste at dødsårsaken var tilstoppet og opphovnet eggleder. Den hadde ingen matrester i magen eller tarmen, noe som er vanlig seint på høsten fordi slanger ikke kan gå i dvale med mat i magen. Byttedyrrester i magen kan utskille giftige stoffer slik at slangen kan dø under dvalen. Foto: Beate Strøm Johansen.Bachelorstudentene Marielle Celine Samslått (til venstre, nærmest) og Veronika Quynh Thi Phan (i sofaen til venstre, øverst) følger med og dokumenterer når slettsnokspesialist Pål Sørensen dissekerer slangene fra naturmuseets fryseboks. Foto: Beate Strøm Johansen.
Bachelorstudentene Marielle Celine Samslått og Veronika Quynh Thi Phan samarbeider om denne oppgaven med å avdekke slettsnokens livretter. De skal benytte DNA-sekvensering, en metode som vil fortelle oss absolutt alt som har vært inni slettsnokenes mage. Studentene begynner med å isolere rent DNA fra hver mageprøve, og deretter måler de DNA-innholdet i prøvene for å finne ut om noen prøver må gjøres om igjen. Deretter oppformerer de DNA-materialet med en metode som kalles PCR. Deretter sendes DNA-produktet til et sekvenserings-laboratorium der vi har opprettet avtale. Laboratoriet sender oss tilbake en lang liste med hvilke arter de fant DNA i fra i de ulike mageprøvene. Dette blir utrolig spennende! Bacheloroppgaven skal leveres i mai-juni 2022.
Oppstart på DNA-laben 4.januar 2022. Veileder og molekylærbiolog Audun Slettan går gjennom hele prosessen i fra guffen mageprøve til flunkende rent DNA. Veronika (til venstre bak) og Marielle (til høyre) følger nøye med, for etterpå måtte de klare dette selv! Foto: Beate Strøm JohansenMageprøver fra slettsnok tar ikke nødvendigvis stor plass! Her er alle prøvene som bachelorstudentene skal analysere til oppgaven sin. Av alle de 32 slettsnokene som ble dissekert, så var det bare 15 som hadde mage/tarm-innhold til DNA-analyse. Slanger er tilpasset til å kunne overleve i lang tid uten å finne mat, det er derfor ikke uvanlig at magen er helt tom. Foto: Beate Strøm Johansen.Den første slettsnokmageprøven var full av pels fra et lite pattedyr. DNA-sekvenseringa vil fortelle oss om det kom fra en mus, eller en spissmus, eller en flaggermus – og i tillegg nøyaktig hvilken art. Vi er kjempespente! Foto: Beate Strøm Johansen.Fra guffen mageprøve til flunkende rent DNA! Etter 2 timer og masse runder med pippettering, sentrifugering og tilsetting av nye stoffer, så har studentene fått fram rent DNA fra mageinnholdet til en slettsnok. Foto: Beate Strøm JohansenBachelorstudentene er i gang på egen hånd med DNA-isolering fra slettsnok-mager, og veileder Audun Slettan bistår når studentene lurer på noe. Her er vi på en av labene på UiA-Kristiansand. Foto: Beate Strøm JohansenMarielle er i gang med en mageprøve fra slettsnok. UiA-lab i Kristiansand i januar 2022. Foto: Veronika Quynh Thi PhanBachelorstudentene i gang med å finfordele mageinnhold fra en slettsnok. Her ser vi både pels, hud og knokler. De må ta ut en passelig mengde og veide den, fordi hver prøve skal veie omtrent det samme, slik at det blir like blandingsforhold med alle tilsetningsstoffene. Foto: Marielle C. Samslått/Veronika Q.T. PhanMageinnhold fra en slettsnok veies. Flinke studenter som skriver nøyaktige notater! Foto: Marielle C. Samslått/Veronika Q.T. Phan Etter en masse prosesser og tilsetting av ulike buffere, så er studentene kommet til stadiet da DNA’et skal feste seg i det lille filteret inni røret. Foto: Marielle C. Samslått/Veronika Q.T. Phan Studentene må benytte to ulike sentrufuger for å isolere DNA, og de står på ulike laber. Det er en lang oppskrift studentene skal igjennom for hver mageprøve, for å få fram rent DNA. Foto: Marielle C. Samslått/Veronika Q.T. Phan Nå er studentene ferdig med å isolere DNA i fra grumsete mageprøver, og de skal sjekke hvor mye DNA det egentlig er i den lille skvetten med klar væske nederst i røret. Da må en bitteliten dråpe pipetteres opp fra røret og plasseres på den bittelille metallkula på apparatet. Her må man være stø på hånden! Foto: Marielle C. Samslått Dekslet lukkes igjen etter at dråpen er plassert på kulen, og det er klart for å få vite om det er nok DNA i væsken, eller om prøven må isoleres på nytt. Foto: Marielle C. Samslått/Veronika Q.T. PhanSlik ser man hvor høy konsentrasjon det er av DNA i den isolerte prøven. Foto: Marielle C. Samslått/Veronika Q.T. PhanSlettsnok i ferd med å kvele en spissmus. Slettsnok er en av få dyr som har spissmus på menyen, fordi spissmus har noen kjertler som gjør at de smaker vondt. Bildet er tatt i Flekkefjord, Vest-Agder, 14.juli 2017 . Foto: Trygve Brandsberg-Dahl
Veiledere på denne bacheloroppgaven er: Audun Slettan, molekylærbiolog, UiA og Beate Strøm Johansen, zoolog og slettsnokforsker, Naturmuseum og botanisk hage, UiA.
